几天以来，平房营区不断燃烧与爆炸。石井四郎发布了封口令，要求回国后不得相互联系、透露部队经历，也不得从事公职。苏军在八月九日攻入东北，之后的几天里，这支贴有“防疫给水”标牌的部队，在关东军的命令下，试图彻底根除一切痕迹。东京的御前会议已于十四日决定接受《波茨坦公告》，当晚，宫内省开始制作天皇的停战诏书唱片。在销毁痕迹的命令下，专列正在调度，平房必须在撤离前完成所有的杀戮与焚烧。
八月六日和九日，广岛和长崎相继遭受到原子弹袭击。随着苏联对日本宣战，苏军加速推进，困境中的关东军深知自己的处境。关东宪兵队“特别移送”的囚犯被关进特设监狱“丸太”，进去后就再也没有生还的希望。面对苏军的进攻，营区立刻执行销毁命令，监狱里关押的中国人、朝鲜人以及少量苏联人全部被处决，手段包括下毒与枪杀，尸体被焚烧处理。
实验室里的资料与记录被销毁，药品、细菌武器也同样被炸毁。专列分批撤回日本，而石井本人通过假葬礼逃避了初期的追查。尽管局势危急，命令依然得到严格执行，队员们按部就班地烧、炸、杀，封口令随之生效。火焰未熄，人员已撤离，留下的只是消失的痕迹。
与此同时，东京那边，年轻的军官们对投降表示抵制，计划拦截天皇的广播。十五日凌晨，他们试图逼迫师团长森赳反抗，森赳最终被杀，其他参与者们伪造命令并封锁皇居。经过一番搜寻，他们未能找到唱片，而另一组人马上攻击了首相官邸，试图焚烧相关证据。然而，伪造的命令很快被宣布作废，这场政变在短时间内瓦解。
几位而参与反抗的军官在玉音放送前自杀，投降的广播于正午准时播放，黑暗中的反抗显得无力。最终，那张反抗者试图毁掉的唱片留存下来，战争也在广播中画上句号。平房的烧毁命令虽然如期执行，但带来的后果并未随撤退而消失。许多当地群众因瘟疫而死，与部队撤离时释放的感染鼠类和跳蚤有关，留下的遗迹则成为罪行的历史见证。
平房的旧址在当地得到了保护和展示，成为历史的印记。尽管许多核心人物幸免于难，逃避了审判，但历史的真相却依然活在证据之中。八月十五日，战争在广播中结束，平房的罪行、后来的鼠疫与遗址上的证据无不证明，这段历史不会被遗忘。
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